奇怪な事件が世間を騒がせている。惨殺死体が連続的に発見され、そのいずれも顔が切り刻まれていたのだった。やがて、惨殺死体の現場には、いつも超人気アイドル・Chiharu（森絵梨佳）の曲が流れている、という都市伝説のような噂が流れ始める。そんな事件が世間を騒がせている頃、本郷猛（黄川田将也）は高校の教壇に立っていた。猛はかつて、世界支配を構想する秘密結社『ショッカー』により人体を改造された。超人的な能力で改造人間・仮面ライダーとしてショッカーの任務を遂行していたが、自我に目覚め、彼らの陰謀を阻止するために戦い始めた。猛のクラスに、人気アイドル・Chiharuと親友という菊間琴美（石田未来）がいた。Chiharuと連絡が取れなくなり心配する琴美は猛と共にChiharuのマンションに向かうが、二人の前に、異形の怪人・チェーンソーリザードと6人の仮面ライダーが現れる。彼らはショッカーの改造人間だった。猛は自らも仮面ライダーの姿となり、戦闘を開始。これまでショッカーの改造人間と幾度も闘ってきた猛だが、自分と互角の能力を持つ6人のショッカーライダーとチェンソーリザードの前に苦戦し、サイクロンでその場を離脱する。一方ショッカーのシザーズジャガーは、日本人すべてを標的とした計画の準備を進めていた。それは、ナノロボットにより同時多発的に人体改造手術を行おうというもの。Chiharuの様子を尋ねようと、彼女の兄・風見志郎（加藤和樹）のもとを訪れた猛と琴美の前に、またしてもチェンソーリザードとショッカーライダーが現れる。その上、風見志郎本人までもがマスクを装着。志郎は実は仮面ライダーV3だった。猛は、志郎たちと戦うが、窮地に追い込まれる。そこにかつて共に戦ったもう一人の仮面ライダー・一文字隼人（高野八誠）が現れ、猛を危機から救った。そんな中、シザーズジャガーの計画が進み、大量のナノロボットが日本に上陸してしまう……。