ガンマンのジャスティス（声：ロン・パールマン）に、目の前で父親を惨殺された少年は、ジャスティスへの復讐を決意する。時は流れ、成長した少年の額には、“二番”と記されたハチマキが巻かれていた。「闇の剣客道」の教えによれば、“一番”のハチマキを持つ者が世界を制し、そして、“二番”のハチマキを持つ者のみが、“一番”に挑むことができるという。かつての少年、アフロサムライ（声：サミュエル・Ｌ・ジャクソン）は、父の仇を討つため、“一番”のハチマキを持つジャスティスの居場所を捜し求めていた。そんな中、立ち寄った村で、アフロは、ジャスティスが須弥山にいるとの情報を得る。だが、アフロは、謎の集団「無無坊主」の手により、瀕死の重傷を負う。朦朧とした意識の中で、アフロが見る夢は、楽しかった子供時代の日々だった。剣術の道場での仲間達との記憶、特に仲の良かった仁之助とおつるとの思い出が、アフロの脳裏を駆けめぐっていた。ようやく意識を取り戻すアフロ。アフロを救ったのは、お菊（ケリー・フー）という女性の献身的な介抱のおかげだった。互いにひかれあう二人だが、お菊の正体は「無無坊主」がアフロの命を狙うために放ったくのいちだった。しかし、お菊は、アフロを殺すことができない。お菊は、成長したおつるだったのである。遂に、お菊は、命に背いたとして、「無無坊主」に殺されてしまう。「無無坊主」の手を逃れながら、須弥山を目指すアフロ。須弥山でアフロの前に立ちふさがったサムライの太刀筋に、アフロの記憶が再び蘇る。それは、仁之助に違いなかった。