人類が宇宙に進出してから数世紀。宇宙惑星連合の中の一機関・銀河通商関税機構（GOTT）で受付嬢をしているエクレール（声：永田亮子）とリュミエール（平野綾）。彼女たちは『Eシフト』を命じられると、経済紛争に実力で対抗するエージェント『ESメンバー』の任務に就く。今回の局長エクリプスからの特務指令は、経済問題の摩擦が激しい惑星メディアと惑星ファウヌスの調停の為に、宇宙惑星連合の役人を無事にメディアまで送り届けることだ。2人はガードロボットのドナシュラークと共に専用の高速巡航艦・ラミューズでメディアへ向かう。だが、メディア近辺は惑星ファウヌスの宇宙艦隊が封鎖していた……。