今度の敵は地球＜ペコポン＞滅亡を招く深海の王子。かつて水の惑星マロン星から地球侵略にやって来たマロン星人の末裔、メール王子（声：桑島法子）と従者のマール（辻希美）。長い年月の間に2人きりになってしまったメールとマールは、プリンセスを迎えて自分たちの世界を建て直そうと決意する。彼らがプリンセス候補に選んだのは、ケロロ小隊のへっぽこ隊長ケロロ軍曹（渡辺久美子）が居候する日向家の長女、夏美（斎藤千和）だった。深海にある秘密の王国にさらわれてしまう夏美。その日から、ケロロたちの夏美救出大作戦が始まった。しかし、プリンセスとして丁重に迎えられた夏美は、彼女の記憶を投影して創られたナツミ城と城下町を探索するうちに、自分の存在を必要とされる喜びとお姫様生活の楽しさを味わってしまう。だが、メールたちは、故郷の星と同じように地球を丸ごと海に変えようとしていたのだ。