グランドラインをアラバスタ王国に向かって突き進む、ゴーイング・メリー号。そこには、アラバスタ王国の王女ビビもいた。砂漠の国といわれるアラバスタは、悪の秘密組結社の暗躍により崩壊の危機に直面。王女ビビは組織の正体を暴くため、2年前に国を出たが、やがて諸悪の根源が国の英雄・クロコダイルだと知る。そして今、ルフィ（声：田中真弓）、ゾロ（中井和哉）、ナミ（岡村明美）、ウソップ（山口勝平）、サンジ（平田広明）、チョッパー（大谷育江）ら、ルフィ海賊団という心強い仲間を得たビビは、父親でもある国王コブラと国の人々を救うため、アラバスタへ帰還する。その頃、アラバスタでは、クロコダイルの陰謀により、国王軍と反乱軍との全面戦争が始まろうとしていた。両軍を激突させ、国が弱体化したところを乗っ取ろうと企むクロコダイルは、国王軍・反乱軍の両方に手下を潜入させ、確実に両軍が対立するよう周到に計画を進めていた。事態を知ったルフィたちは、一刻も早くビビを国王のもとに送り届けようとするが、その行く手にクロコダイルと彼のパートナーであるロビン（山口由里子）、そしてＭｒ.ボン・クレーら手下どもが立ちはだかる。