西ベルリン郊外、核兵器全廃に関する米ソ平和条約締結のための会議場周辺の警備を任されていたジョニー・ギャラガー軍曹（ジーン・ハックマン）は、西独のテロリストと思われる男女にアメリカの将軍を殺害されてしまい、上司のウィテカー大佐（ジョン・ハード）に厳しく非難される。基地に戻ったギャラガーは、ワシントンまでウォルター・ヘンク（トミー・リー・ジョーンズ）という囚人を護送するように命じられるが、ワシントン空港のトイレで水兵のグループに襲われ、ギャラガーが殴られて気絶しているうちにヘンクは逃走してしまう。ヘンクの妻に事情を説明しに行き、彼がヘンクとは全く別人であることを知ったギャラガーは不信を抱き、軍の情報部で働く別れた妻アイリーン（ジョアンナ・キャシディ）を訪ね、事の真相を調査してもらうが、その間にヘンクの妻が何者かによって殺害され、ギャラガーが犯人に仕立てあげられてしまう。やがてギャラガーは、ヘンクと名乗る男がトーマス・ボエットであることを知るが、機密を調べる手伝いをしたアイリーンの友人が殺され、さらに彼女の命まで狙われていることを知った、ギャラガーは、ボエットを追ってアイリーンと共にシカゴに向かうのだった。シカゴでヴェトナム時代の友人ミラン・デリッチ警部（デニス・フランツ）の協力を得たギャラガーであったが、罠にはまりデリッチは負傷、ギャラガーも捕まってしまい、連れてこられたのはボエットの潜む隠れ家だった。彼は核兵器撤廃条約締結を阻止しようと陰謀を企む組織に雇われた殺し屋だったのである。廃屋に監禁されたギャラガーは、そこから逃れるのに成功し、ボエットの暗殺計画を未然にくいとめ、彼を射殺するが、その裏ではウィテカーを始めとする米軍上層部が暗躍していたのだった。そしてこの護送命令も、ギャラガーを失脚させようとする陰謀だったのである。