南極大陸の氷の下600メートルに巨大な建造物が眠っていた。そこはアステカ、エジプト、そしてカンボジア文明が混在して作られた巨大ピラミッドで、プレデター種族が100年周期で生きたまま凍らせたクイーンエイリアンに卵を産ませ、若いプレデターをエイリアンと戦わせることで、戦士としての訓練を受けさせていた“成長の儀式”の場所だった。ピラミッドでの死闘の末、宇宙船の中でプレデターの体内からチェストバスターが誕生。プレデターから飛び出たチェストバスター＝ニュー・エイリアンは、宇宙船の中で“プレデリアン”へと成長し、プレデターを次々と殺戮していく。コントロール不能となった宇宙船はコロラドの森へ墜落し、“プレデリアン”をはじめ、宇宙船に潜んでいた無数のエイリアンたちが獲物を求め飛び出していった。一方、宇宙船の異変に気づいた、エイリアンを駆逐することを生業とするニュー・プレデター＜ザ・クリーナー＞が地球へと乗りこんでくる。そして史上最も恐ろしい2大モンスターがついに衝突。人類を巻き込みながら、壮絶かつ凄惨な戦いが次々と繰り広げられ、人類が最も恐れていた悪夢が現実となる……。