アメリカ合衆国大統領ハーモン・ハワードとファースト・レディ(アン・アーチャー)は、全米功労賞の授賞式典に出席することになっていた。シークレット・サービスのエージェントであるアレックス・トーマス(キューバ・グッディング・ジュニア)は、上司ボーン・スティーヴンス(ジェームズ・ウッズ)の指揮のもと、会場の警備に当たっていた。しかし大統領が会場に到着すると、マスコミ取材者になりすました男が拳銃で大統領を狙撃した。トーマスは不審な動きに気づき手を伸ばすが、銃弾は大統領の頭部に命中し、狙撃者もすぐに射殺された。大統領は搬送先の病院で息絶えた。新聞記者ケイト・クロフォード(アンジー・ハーモン)は、事件について独自の調査を始める。そして狙撃犯ルイス・デティモアに黒幕が存在する事実を掴む。しかしケイトの動きを監視する集団があり、彼女に情報を提供した者や、デティモアの家族が抹殺されていく。トーマスは大統領を守れなかったことを悔い、休職する。そこにケイトが現れ、調査への協力を求める。ケイトの調査では、犯人は大統領の予定を事前に入手し、暗殺計画を立てたということがわかっていた。トーマスはケイトとともに真相究明に乗り出す。やがて捜査線上に、アレクシス・インターナショナル社という謎の企業と、CIAの機密機関でISGと呼ばれる研究情報部の存在が浮かぶ。トーマスはスティーヴンスの制止を振り切り、チームを率いてアレクシス社の倉庫に突入する。銃弾の嵐と激しい爆発が彼らを襲う。トーマスは現場から逃走したフィリップ・キーファーと名乗る男を追跡し、拘束する。トーマスとケイトは、大統領の友人モンゴメリー将軍(バート・レイノルズ)に会い、フィリップ・キーファーはジャック・ボールドウィンという人物であることを知る。ジャックはかつてCIAに雇われ、ISGの副隊長であった。そして、そのときの上司はスティーヴンスだった……。