聖職者ザカリヤは、高齢の妻エリサベトが息子を身ごもるという神の啓示を受ける。ナザレに住むマリア（ケイシャ・キャッスル・ヒューズ）は、ヨセフ（オスカー・アイザック）との婚約が整ったことを両親から告げられる。見ず知らずの男性との結婚に取り乱したマリアは、オリーブの林に逃げ込む。そこで天使ガブリエルと出会い、自分が神の子を身ごもることを知る。エルサレムでは、救い主誕生の予言に怯えたヘロデ大王（キアラン・ハインズ）が、救い主になる可能性のある者を全て殺害する命を下す。ペルシアでは東方の三博士、学者メルキオール（ナディム・サワラ）、通詞ガスパール（ステファン・カリファ）、天文学者バルタザール（エリック・エブアニー）が救い主誕生の兆候を感じ、ユダへ旅立つ。マリアは親類のエリサベトを訪ねる。エリサベトが啓示通り受胎したのを知り、自分の告知も真実であると確信する。ナザレに戻ったマリアは妊娠していることが露になり、村人から蔑まれる。両親やヨセフも彼女の言うことを信じない。しかし次の夜、ヨセフの夢にガブリエルが現れ、マリアの話は本当だと告げる。ヨセフはマリアを守ることを誓う。ヘロデ大王は救い主を探すため、人口調査を命ずる。マリアとヨセフは子供を守るため、ヨセフの故郷ベツレヘムへ長く険しい旅に出る。東方の三博士は、偶然ヘロデ大王の正餐に列席することになる。王は三博士に、生まれてくる子供の居場所を知らせるよう言いつける。ヨセフたちがベツレヘムに着くと同時に、マリアが産気づく。宿が見つけられず、マリアは家畜小屋でイエスを出産する。その瞬間、天の星は一列に並び、強烈に光る1つの星になった。それを目撃した三博士は家畜小屋に辿りつく。三博士はヘロデ大王に報告することは間違いであることに気づく。三博士が戻らないので、王は幼児の大虐殺を命ずる。兵士がベツレヘムを目指しているころ、ガブリエルはヨセフに忠告を与える。それによってヨセフたちは間一髪でエジプトへ逃れるのだった。