アレックス・ライダー（アレックス・ペティファー）は、銀行員の叔父イアン・ライダー（ユアン・マクレガー）と暮らすごく普通の少年だった。ある日、イアンは、不慮の事故でこの世を去る。だが、アレックスは、イアンの事故死が、偶然ではないと考える。アレックスは、イアンの本当の正体が、英国諜報員であることを突き止め、これまで叔父と共に行ってきた趣味の射撃や空手、スカイ・ダイビング、スキューバ・ダイビングなどの全てがスパイに必要な訓練であったことを悟る。既にスパイとして充分な実力を備えていたアレックスは、MI6にスカウトされ、任務につく。初めてのミッションは、事業家ダリアス・セイル（ミッキー・ローク）の調査だ。セイルは、先頃、イギリス中の学校へ次世代パソコン“ストームブレイカー”の寄付を申し出ており、MI6は、その背後に巨大な陰謀が隠されているのではないかと考えていた。アレックスは、セイルの屋敷に潜入し、セイルが、大規模なウィルス・テロを目論んでいることを知る。だが、次の瞬間、セイルによって捕らえられてしまうアレックス。アレックスは、数々のスパイ道具を駆使して脱出する。明らかとなったセイルの計画を阻止するため、アレックスは、“ストームブレイカー”の寄贈式が行われているロンドンへと向かう。式典の舞台となる科学博物館では、首相が今まさに、“ストームブレイカー”の起動ボタンを押そうとしているところだった……。