10歳の少年アーサー(フレディ・ハイモア)は、4年前に失踪した冒険家の祖父が残した書物を読みふけっては見果てぬ世界に思いを馳せる毎日を送っていた。ある日、家が立ち退きの危機にあり、借金返済の期日は明後日と知らされる。祖父がアフリカから持ち帰ってきたルビーさえあれば助かるのだが、埋められているはずの裏庭を探しても見付からない。屋根裏で宝物の地図を発見したアーサーは、体長2mmの謎の民族＜ミニモイ族＞が住む世界が地下に存在し、宝物にたどり着くためには彼らの＜7つの王国＞に行かなければならないこと、そしてその世界で祖父が行方不明になったことを知る。満月の夜、アーサーは体長が2mmに縮み、ミニモイ族の世界にたどり着く。王女セレニアとその弟ベタメッシュと出会ったアーサーは、闇の都市の支配者マルタザール率いるセイド軍から襲撃され、純粋で正義感のある者でないと使えない魔法の剣を操る能力が自分にあることに気付く。その力にミニモイの国存続の望みをかけた国王に依頼され、アーサーはセレニア王女、ベタメッシュと共にマルタザールがいるネクロポリスを倒すため、旅立つ。旅の末にいよいよネクロポリスへ近づくが、セレニアは1人でマルタザールを倒そうと2人に別れを切り出す。そしてアーサーにミニモイの国の未来を託し、キスを交わす。実は王女のファーストキスには特別な力があり、マルタザールが狙っているのはそのキスの効力だったのだ。マルタザールに捕えられ牢獄に入れられた3人は、そこで行方不明だったアーサーの祖父アーチボルトと再会する。マルタザールがミニモイの国を滅亡させるために作った放水装置が完成間近と知り、それを利用して脱獄したアーサーは魔法の剣でマルタザールを倒す。ミニモイの国には平和が戻り、宝物のルビーも見つかり、アーサーと祖父は家族の待つ人間世界に帰るのだった。