ある日、強大な謎のエネルギー体が彗星のような閃光となって地球に飛来する。それが通過した世界中の各地域では、次々と怪現象が発生していた。そんな中、巷では“ファンタスティック・フォー”のリード(ヨアン・グリフィズ)とスー(ジェシカ・アルバ)が結婚するという話題で持ちきりに。しかし挙式当日、謎の生命体“シルバーサーファー”がニューヨークに出現する。サーファーの追跡に向かうジョニー（クリス・エヴァンス）だが、強大な力をもつサーファーには歯が立たない。サーファーに接触したジョニーはチームのメンバーに触れるだけで互いの能力を交換できるようになり、仲間から避けられるようになってしまう。リードたちは謎の解明に奔走し、シルバーサーファーが現われた星は、いずれも8日以内に滅びていることが判明する。ヘイガー将軍は、かつてファンタスティック・フォーに捕らえられた宿敵ビクターを助っ人として連れてきて、4人は渋々手を組むことに。研究の末に捕獲装置が完成し、メンバーはドイツでシルバーサーファーとボードを切り離すことに成功する。しかしビクターはそこで本性を露わにして、メンバーを裏切る。また、シルバーサーファーは実は乗っていたボードに操られており、そのボード“ギャラクタス”こそが星々を滅ぼしてきたのだった。メンバーはシルバーサーファーの力を借りて“ギャラクタス”に挑み、激闘の末に打ち倒すのだった。