ハリー・ポッター(ダニエル・ラドクリフ)はホグワーツ魔法魔術学校の5年生になる日を待ちながら、長く孤独な夏を耐えていた。親友のロン・ウィーズリー(ルパート・グリント)やハーマイオニー・グレンジャー(エマ・ワトソン)からも便りがない。ようやく一通の手紙が届いたが、それはホグワーツから除籍されるという通知だった。除籍の理由は、ホグワーツ以外の場所で、魔法の使えない“マグル”の前で魔法を行使したことだ。だがそれは、ハリーといじめっ子の従兄弟ダドリーが2人組のディメンター（吸血鬼）から奇襲を受け、やむなく応戦したためだった。ハリーが自己弁護できる唯一の機会は魔法省で開かれる尋問会だが、それも魔法省の大臣コーネリウス・ファッジがおしるし程度に開いたものだ。ファッジは密かにハリーの永久追放をもくろんでいたが、ホグワーツの校長アルバス・ダンブルドアのおかげで無罪放免になる。魔法界の住人たちは、ヴォルデモート卿(レイフ・ファインズ)復活の一件をハリーの作り話と信じ込んでおり、ハリーの人格を疑っているらしい。ハリーはロンとハーマイオニーに説得されて、校内の有志を集めて“ダンブルドア軍団”を結成し、闇の魔術から身を守る方法をメンバーに指導する。一方、ダンブルドアもヴォルデモートに対抗すべく、秘密同盟“不死鳥の騎士団”を結成する。しかしヴォルデモート卿もまた、べラトリックス・レストレンジ(ヘレナ・ボナム＝カーター)ら自分を慕う者を集め、ハリー抹殺を図る。絶対絶命かに見えたその瞬間、不死鳥の騎士団が駆けつけて激しい闘いを繰り広げ、シリウス・ブラック(ゲイリー・オールドマン)が命を落としてしまう。生徒たちのボイコットに遭ったアンブリッジ先生はホグワーツを去り、魔法界の人々は、ヴォルデモート卿が本当に復活したことを知るのだった。