第一次世界大戦の最中、毒ガスにより気絶した兵士タミーノ(ジョセフ・カイザー)の命を、夜の女王の侍女である三人の従軍慰安婦が救う。慰安婦が去った後に目を覚ましたタミーノは、偶然居合わせたパパゲーノ(ベン・デイヴィス)が命の恩人だと勘違いしてしまう。調子に乗って話を合わせていたパパゲーノは、再び登場した慰安婦達に、懲らしめられてしまう。慰安婦達はタミーノに、女王の娘パミーナ(エイミー・カーソン)が暗黒卿ザラストロ(ルネ・パーペ)に捕らわれたことを伝え、その救出を依頼。更には女王自らタミーノに魔法の笛を贈り、娘を取り戻して欲しいと懇願する。タミーノとパパゲーノは、パミーナを救うために旅立つことを決める。パパゲーノは、ザラストロの城塞に侵入し、パミーナに女王の元に戻るよう説得する。一方、タミーノは、一人の男に城塞に迎え入れられる。タミーノは、男と長い間、語り合う。そして、ザラストロこそが平和を望み、そのために立ち上がった指導者であり、今、自分と話をしている男こそがザラストロ本人であることを知る。ザラストロは、パミーナを解放。タミーノとパミーナの愛を確かなものにするための試練を与える。それはまた、平和な世界を得るための試練でもあった。