1944年リトアニア。名門家の血を引くハンニバル・レクターは、危険から逃れるべく一家で城から離れた山小屋に避難するが、戦闘に巻き込まれ両親を失う。幼い妹のミーシャと生き残るも、やってきた脱走兵たちにより妹を連れ去られる。ハンニバルは、夜毎その光景を夢に見るほどに、脱走兵たちへの復讐を誓う。8年後、住んでいた城はソ連の養育施設となり、ハンニバル（ギャスパー・ウリエル）は収容孤児となっていた。構造を知るハンニバルは難なく脱走に成功、汽車を乗り継ぎ、フランスの伯父を頼る。伯父は亡くなっていたが、妻である日本人女性レディ・ムラサキ（コン・リー）が彼を受け入れる。ある日、ムラサキが肉屋のモマンに性的いやがらせを受けたことをきっかけに、ハンニバルに潜む残虐性が目覚め、後日モマンを日本刀で切り殺してしまう。時は流れ、ハンニバルは医学校に最年少入学を果たし、ムラサキと共にパリに移り住む。自白剤を手に入れたハンニバルは、爆撃を受けた際に脱走兵が認識票の入った鞄を忘れていった記憶を呼び戻すことに成功する。山小屋を訪れ認識票を手に入れたところを、脱走兵のひとり、ドートリッヒ（リチャード・ブレイク）に襲われる。返り討ちにし、他の仲間の情報を手に入れた後、殺害し頬肉を食べる。仲間がやられたことで、リーダー格のグルータス（リス・エヴァンス）はミルコ（スティーヴン・ウォルターズ）にハンニバル殺害を指示する。ミルコも返り討つが、仲間の情報を手に入れる拷問の途中で、ミーシャは殺され、飢えのあまり食されたことを知る。その後、グルータスの殺害に失敗したハンニバルは、逆にムラサキを人質に取られる。居場所を突き止めたハンニバルだったが、自らもミーシャを食べた事実を知らされ、ムラサキの静止も聞かずにグルータスを殺す。数ヵ月後、カナダの山小屋をハンニバルは訪れる。現れた男に認識票を手渡し、首をもらいに来た、と告げる。