スコットランドの医学校を卒業したニコラス・ギャリガン（ジェームズ・マカヴォイ）は、ウガンダにある診療所で働く道を選んだ。そこで彼は軍隊のヒーロー、アミンと偶然、親しくなる。後日、ニコラスは、アミンから直々に「主治医になってくれ」と頼まれる。それを引き受けたニコラスは、アミンと親密になっていく。そんなある日、アミンが襲撃にあい、あやうく命を落としかける事件が起こる。スケジュールが外部に漏れている可能性が高いことから、「裏切り者がいる」と激怒するアミン。疑心暗鬼にかられた彼は、粛正の動きを加速させる。そんなアミンの期待に応えようと、ニコラスは、大臣ワッサワの不審な動きをアミンに報告し、調査したほうがいいと忠告する。その一言がワッサワに対する死刑宣告になってしまったことを、ニコラスは、イギリス人の高等弁務官ストーン（サイモン・マクバーニー）から知らされることになった。ワッサワの行動が、実は製薬会社との商談にすぎなかったと知って、深い自責の念にかられたニコラスは故郷に帰りたいとアミンに申し出た。だが、時すでに遅し。「新生ウガンダの建国に手を貸すと宣誓した」と言ってニコラスの辞任を拒絶したアミンは、ワッサワの件を盾に取り、逆にニコラスに脅しをかける。彼は、ストーンに助けを求めるが、かつてストーンの頼みをニコラスが無視したことを理由に協力を断られてしまう。ストーンは自由になるためにはアミンを暗殺するしかないことを、ニコラスに告げた。覚悟を決め、アミンに毒入りの頭痛薬を渡すニコラス。そのとき、パレスチナ人テロリストにハイジャックされたエア・フランスの飛行機が、ウガンダのエンテベ空港に着陸したとの知らせが届く。アミンに同行を命じられたニコラスは、同じ車で空港へと向かうのだが……。