英国人青年ジョー・コナー（ヒュー・ダンシー）は、自分だったら何かを変えられるという信念を抱いて、海外青年協力隊の英語教師としてルワンダにやってきた。英国ローマン・カトリック教会のクリストファー神父（ジョン・ハート）によって運営されていた公立技術専門学校（ETO）に赴任するが、ルワンダではフツ族とツチ族とが長年に渡る部族間の争いが続き、世界各国から派遣された国連治安維持軍（UN）が監視をしており、学校もベルギー国連軍兵士が駐留していた。不穏な動きの情報があるものの、学校の中は生徒たちの笑い声は絶えず、平和そのものに見えていた。だが、その平和も一瞬の出来事から地獄の時を迎えることとなる。1994年4月6日の夜、アルーシャを介とした停戦協定を結ぶために、フツ族出身のハビャリマナ大統領が乗った飛行機が何者かに撃墜される。もしかしたらクーデターかも知れないという噂が広がり、学校はそこが非戦闘区域である事を宣言し、国連兵士たちが生徒たちを守る為に学校を取り囲む。部族紛争がはじまり、彼の学校が大量虐殺〔ジェノサイド〕から逃れてきた何千という難民の為の避難所となった時、ジョーは彼のお気に入りで最も成績優秀な生徒マリー（クレア＝ホープ・アシティ）に、国連軍が必ず君たちを守ってくれる、と約束する。しかし学校の外では過激派民兵〔ミリシア〕による血みどろの虐殺が繰り広げられていた。そして国連軍がもうこれ以上難民を保護できないと手を引いたとき、ジョーと学校長のクリストファー神父は人生最大のジレンマに立たされる。彼らもまたその場所を立ち去るべきか、それともルワンダの人々を守る為に立ち上がるべきかと。国連軍のトラックが不安におびえる難民たちの群れをかき分けて退去してゆく中、ジョー、そしてクリストファー神父はある決断をする……。