夏の暑い昼下がり。荒れ果てた野原にそびえ立つ巨大な廃ホテルは、子供たちの恰好の遊び場だった。古い階段を駆け上がる12歳の由美子、武、知恵、智彦、綾、信久たちは、仲のいい友達同士だった。由美子が“親指さがし”をしようと言い出し、輪になって手をつないだ6人は、最後の呪文に合わせて手を振り下ろす。次の瞬間、知らない部屋へ紛れ込んでいた武は、親指を捜し始める。そのとき突然由美子の悲鳴が聞こえて来た。気づくと、彼はホテルの屋上に戻ってきていた。そして、それっきり由美子の姿を見ることはなかった…。8年後。お盆の時期に合わせて同窓会が行なわれ、5人は久々に再会する。重い空気が流れる中、武（三宅健）は再び“親指さがし”をやろうと提案する。偶然にもその日は、由美子がいなくなったのと同じ8月13日だった。5人は“親指さがし”を決行するが、何も起こらない。だがその夜、信久の身に危険が忍び寄っていた。次の日、知恵（伊藤歩）、智彦（松山ケンイチ）、綾を呼び集めた武の元に、信久が親指を切られて殺されたという報せが届く。恐怖に怯える4人は、“親指さがし”の謎の解明に乗り出す。やがて石神村にある屋敷の存在に辿り着き、村を訪れた彼らは不思議な老人・山田とその息子・和正に出会う。“親指さがし”について問い質す武だが、捜し求めている答えが見つからないまま、追い返されてしまう。そしてまた、親指を切り取られた綾の死体が発見される。