現在より遙か遠い未来、国家間の絶え間ない紛争を発端に、世界は分断、そして区分されていた。戦いと戒律により形成されたのが、管理社会“ゾーン 66”だ。絶大なる権力を誇るマスターの下、守護戦士たちに守られたこの世界も、いずれやって来る崩壊の危機に晒されていた。事態を重く見たゾーンは、最終体戦士の開発に挑むが、あえなく失敗する。そして、開発の99番目に誕生した最後の男の処分を決定する。だが覚醒した男は自分が処分されることを察知し、同じくそこに幽閉されていた謎の女と共に脱出計画を決行する。しかし、逃げ延びたかに思えた彼らの目前には、ゾーン最強の戦士たちが立ちはだかるのだった。生き残るため、そしてこの世界の謎を解くために、剣を手に戦いを挑む男。果たして彼らは生き残ることができるのか。