旅を続けるサトシ（声：松本梨香）とピカチュウ（大谷育江）たち一行は、ある日、“水中ポケモンショー”の花形スター・ヒロミと出会う。ヒロミは水ポケモンたちと心を通わせることができる“水の民”と呼ばれる一族の子孫だった。“水の民”には、この世界の海のどこかに“海の神殿アクーシャ”があり、そこには“海の王冠”と呼ばれる秘宝が隠されているという伝説が語り継がれているのだ。そこに、ポケモンレンジャーのジャック・ウォーカー（通称ジャッキー）が現れた。ジャッキーは極秘で“蒼海の王子”マナフィのタマゴを守り、“海の神殿”まで届けなければならないという。その話を聞いてヒロミとサトシたちも彼に協力し、新たな旅に出るのだった。