南米ウルグアイで、アメリカ大使がシークレットサービスに銃殺された。CIA本部で緊急会議が開かれ、この陰謀を企てた男、アドリアン・レイダー追跡のため、米陸軍特殊部隊を派遣することとなる。しかし部隊は、上陸後すぐにテロ組織の伏兵攻撃に遭い、壊滅状態となる。生き残った部隊も捕らえられ、レイダーの人体実験に使われた。そんな中、政府からの要請で収監されていた元海軍エリート、クリス・コーディー（スティーヴン・セガール）が呼ばれる。彼に与えられた任務は、レイダー暗殺と捕虜の奪還。成功報酬は自由の身と10万ドルの大金。コーディーは昔の同朋であり、同じく収監されている元海軍兵ルイスと元特殊部隊ヘンリー（ヴィニー・ジョーンズ）、そして元陸軍エンダーらと共に任務を受け、動き始める。コーディーは巨大ダムに隠されたテロ組織の基地に向かい、レイダーを追跡する。しかし彼らが到着し基地に潜入した時には、すでにレイダーの姿はなく、数体の死体が転がっているだけだった。レイダーは組織を裏切っていたのだ。そして、この計画をサポートしていたのがCIAエージェントのフレッチャーだった。コーディーらは残された捕虜を救出し、レイダーを追跡するため潜水艦アルカトラズに乗り込み基地を後にする。しかし出航直後、突然捕虜たちがコーディーに襲いかかってきた。彼らは自分たちの意思に反し、洗脳され、レイダーの操り人形と化していたのだ。艦内では壮絶な死闘が繰り広げられ、潜水艦アルカトラズは操作不能状態に陥ってしまう。さらに事態は悪化し、政府が米国戦艦クリントンからアルカトラズにミサイル攻撃命令を下す。陰謀が渦巻く中、コーディーの怒りが炸裂する。