青年ティム（バリー・ワトソン）は、8歳の時のある夜、父親が自室のクローゼットから現れた影のような化け物・ブギーマンに襲われるのを目撃。それ以来、父親は行方不明となる。ティムはいつの日かブギーマンが自分を連れ去りにやってくるのではないかと脅えながら生きてきた。母親メアリー（ルーシー・ローレス）の訃報が届き、母親の葬儀のため、忌まわしい記憶がこびりつく故郷の田舎町に戻ることになる。葬儀を済ませ、陰気に沈みきった雰囲気の実家に足を踏み入れた彼は、クローゼットで恐ろしい怪現象を体験する。そしてティムは、自分と同じようにブギーマンが存在することを知る不思議な少女フラニー（スカイ・マコール・バチュシアック）と出会い、彼女と心を通わせていく。やがてティムを慰めるため、恋人のジェシカ（トリー・マセット）が車を走らせてやってきた。ふたりはティムの実家を離れ、モーテルに泊まることにするが、バスルームに入ったジェシカが謎の失踪を遂げる。モーテル内を捜索していたティムは、なぜか次の瞬間、暗い実家の中で我に返る。幼なじみのケイト（エミリー・デシャネル）に事情を説明し、彼女とともにモーテルへと急行するティム。やはりバスルームにはジェシカの姿はなく、誰のものかわからない血痕がバスタブに付着していた。ジェシカがブギーマンに連れ去られたのではないかという疑念を強めるティム。大混乱のさなかフラニーと再会したティムは、彼女から、自分を救えるのは自分自身しかいないと告げられる。やがてティムは自分自身と身近な人々の人生を守るため、実家のクローゼットの暗闇で待ち受ける邪悪な怪物ブギーマンとの直接対決に身を投じる。