1990年、ここはアメリカ・メガロポリス。生活は厳しく統制され、高度にコンピューター化されている。20年ほど前、人間に殺されたコーネリアとジーラの子シーザー（ロディ・マクドウォール）は成人し、アーマンド（リカルド・モンタルバン）に可愛がられていた。なかば警察国家を形成している、このメガロポリスの支配者たちは、猿を奴隷化して、重労働を押しつけていた。人間に愛されて育ったシーザーは、アーマンドに初めて町に連れていかれ、猿たちがいじめられているところを目撃し、思わず大声をだしてしまった。アーマンドはシーザーを逃し、警察に出頭した。この事件はブレック知事（ドン・マレイ）と警察署長コルプ（セバーン・ダーデン）の耳に入り、2人にカマをかけられた彼は、ついに20年前、人語を話す猿の子を処刑の手から救ったことを白状させられた。彼は窓ガラスを破って逃げようとして命をおとした。シーザーは、アーマンドの死を知ると直ちに立ち上がり、復讐を計画する。折しも猿たちの不満はつのるばかりだった。手始めとしてシーザーはブレック邸の奴隷として時期の到来を秘かに待っていたが、彼が人語を話すチンパンジーの子ではないかと疑いを持たれるようになった。シーザーは捕らえられ電気刑に処せられたが、猿に理解を示すマクドナルド補佐官（ハリー・ローズ）に救われ、猿軍を組織し戦闘態勢に入った。やがてシーザーの指揮する猿軍は、あらゆる通信網を断ち切り、ブレック知事の本拠を急襲して彼を血祭りにあげた。戦端は開かれ、陣頭に立ったシーザーは部下を率いて都心に突入し、市民軍と対峙した。そして勝利は猿軍に輝いた。