ケープ・ケネディから打ち上げられた宇宙船が1年6ヵ月後に、オリオン星座に属する、ある惑星に着陸した。だが地球では、この間に2000年という年月が流れた勘定になる。宇宙船にはテイラー（チャールトン・ヘストン）を隊長とするドッジ、ランドンらの宇宙飛行士が乗っていたが湖に着水した時、宇宙船は破損して沈没。3名は無人の陸地に上がり、数日間、砂漠地帯をさまよい歩いた。そして、やっと森林地帯に入った時、初めてほかの人間を見たが、彼らは一様に原始人のようであった。そこへ現れた猿の一群。猿たちが人間を捕獲するではないか。服を着て馬に乗り銃を手にした猿たちが。喉を撃たれたテイラーも捕まえられた。この時、捕まえられた人間の中に女が1人、のちにノバ（リンダ・ハリソン）と名づけられた。この惑星では、猿が高い文化を誇る高等動物で、人間は口もきけない下等動物である。猿たちはしばしば、こうした人間狩りを行っている。テイラーは外科医の手術を受けた後、ジーラ博士（Ｋ・ハンター）とあった。そして彼女はテイラーの知能が非常に高いことを知り、恋人の考古学者コーネリアス博士に伝えた。テイラーは2人に、自分は字が書けることを知らせたが、彼らはテイラーがほかの惑星から来たことは信じなかった。しかし、この2人はテイラーにとっては味方となった。一方、この惑星の最高頭脳であり信仰の擁護者であるザイアス博士（モーリス・エバンス）は、なぜかテイラーを毛ぎらいし脳葉切除と去勢手術を命じた。テイラーは脱走したが、すぐに捕まり査問会にかけられた。ジーラとコーネリアス両博士が、弁護人として出席したが、テイラーの発言、2人の博士の弁護は一笑に付されてしまった。そこで2人の博士はテイラーと彼を慕うノバを逃がしてやることにした。砂漠地帯まで来た時、ザイアス博士らの一行が追ってきた。そこは、かつてコーネリアス博士がひそかに発掘した人骨と遺物により、数千年前の人間が、猿より高度の知能と文化を持っていたことを知った場所であった。だが、博士のこの説は認められなかったのだ。しかし、やって来たザイアス博士はこの事実を知っていた。だが彼は立場上、この学説を認めるわけにはいかなかったのだ。テイラーとノバは猿たちに別れをつげ、新天地を求めて旅立った。すると、はるか向こうに見おぼえのある像の一部。なんと自由の女神ではないか。この猿の惑星は地球だったのだ。彼らが宇宙船で飛び立ったあと、地球には核戦争が起こり、人類はほとんど滅亡、そして2000年後に猿が支配するようになったのだ。愚かな人間たち。テイラーは口惜しさとあわれさで、泣きくずれるのであった。