人間でありながら、特殊な超能力に目覚めた”異種(アザーズ)“と呼ばれる種族の中で、光と闇の両勢力が長年熾烈な戦いを続けていた。だがある時、光の王ゲッサー(ウラジミール・メニショフ)と闇の将軍ザヴロン(ヴィクトル・ヴェルズビツキー)は休戦協定を結ぶ。それ以来、光の戦士はナイト・ウォッチとして闇を監視し、闇の戦士はデイ・ウォッチとして光を監視する体制になった。そして現代のモスクワ。光の異種であるアントン(コンスタンチン・ハベンスキー)は、ナイト・ウォッチのメンバーとして活動していた。彼は地下鉄で、頭上に空気の渦が巻いている怪しげな女を見かける。彼女はスヴェトラーナ(マリア・ポロシナ)といい、書物に記された伝説によれば、彼女が世に現われた時、光と闇の最終戦争の前兆となるという。そして光と闇のバランスが崩れた時、勝敗を決める”偉大なる異種“が出現するというのだった。その頃、アントンは、ヴァンパイアのアンドレイ(イリア・ラグテンコ)を殺害したことで、デイ・ウォッチのメンバーから狙われていた。ゲッサーは、アントンに助け役として魔女のオリガ(ガリーナ・チューニナ)を付ける。まもなく、モスクワに異常気象が発生。アントンとオリガは、闇の異種たちが執拗に狙う少年イゴール(ディマ・マルティノフ)に接触する。実はイゴールこそが”偉大なる異種“であり、しかもアントンの元妻イリーナ(マリア・ミロノーワ)が産んだ子供だった。イゴールは、アントンが自分を捨てた父親であるという衝撃の事実を知って、自分は闇の異種になることを選ぶのだった。