物質Dと呼ばれる幻覚剤を始めドラッグが蔓延している近未来のアメリカ・カリフォルニア州。ボブ（キアヌ・リーヴス）は、フレッドという名の覆面捜査官として、物質Dの供給源を探る囮捜査を行なっていた。フレッドでいる時は「スクランブル・スーツ」という特殊なスーツに全身を包んでいるため、周りの人間にはその正体が判らない。そして彼の上司も同じスーツを着用しているため、ボブには上司の正体が判らないのだった。フレッド＝ボブは捜査と監視のためにジャンキーのバリス（ロバート・ダウニーＪｒ.）たちと共同生活を営み、売人のドナ（ウィノナ・ライダー）とは恋人関係になっていた。ある失策が元で、当局のテストを受けるフレッド。捜査の過程で本当に物質Ｄの中毒になったことがばれ、マークされているらしい。その一方でバリスが、同居人のボブは要注意人物だと当局にタレこんできた。こうしてフレッド＝ボブは、ボブの家に取り付けた監視カメラの映像をチェックする仕事を命じられた。つまり自分自身を監視する破目に陥ってしまったのだ。監視しつつ監視されるという分裂した状況に置かれたフレッド＝ボブは、物質Ｄを更に服用するようになり、奇怪な幻覚に悩まされるようになる。再び行われたテストではその病状がかなり悪化していることが判った。そもそも彼は最初から当局に利用されていたのだ。その狙いはボブを囮に危険人物バリスの尻尾を掴むことであり、上司の正体はドナだった。しかしそれが判った時、ボブは、もう限界に来ていた。ドナに連れられ、中毒患者の厚生施設「ニュー・パス」に収容されるボブ。やがて抜け殻のようになったボブは、「ブルース」という新しい名前を与えられ、農園の仕事を割り当てられた。それは「ニュー・パス」こそが実は「物質Ｄ」を製造している元凶だということを探る当局の狙い通りだった。しかしボブは既に廃人のようになっていた。ある日ブルースことボブは、農園に青い花が咲いているのを見つける。そして彼は悟ったのだ。その植物こそが「物質Ｄ」の原料であったことを。