誰もが変わらない毎日を過ごす平凡な田舎町サマセット。春の大雨が降った夜、農家を営むエラブル家に11匹の子ブタが生まれた。ところが母ブタの乳は10個しかなく、最後に生まれた小さな子は母の胸に抱かれることすらできない。エラブル家の娘のファーン（ダコタ・ファニング）はその1匹をウィルバー（声:ドミニク・スコット・ケイ）と名付け、まるで母親のように育て始める。やがてウィルバーは、様々な動物が住む向かいのザッカーマン農場に預けられることになった。夜、どこからかウィルバーに話しかける声が聞こえてきた。声の主はクモのシャーロット（声:ジュリア・ロバーツ）だった。ウィルバーと彼女は大の仲良しになる。しかし、春に生まれた子ブタは、クリスマスのハムになる宿命にあった。怯えるウィルバーに、シャーロットが守ってあげると約束する。シャーロットは自分の巣に糸で『とくべつなブタ』と綴ったのだ。”ザッカーマン農場のクモの巣”の噂は瞬く間に広がり、静かな農場に人々が押し寄せてくる。ウィルバーがピンチになるたびに、まるで自分の命を縮めることも厭わないような力強さで言葉を紡ぐシャーロット。そんな時、ファーンは町のお祭りで家畜の品評会があることを知る。そこに出て優勝できればきっとウィルバーはハムにされないですむ。シャーロットの身体には新しい命が宿っており無理のできる状態ではないが、ウィルバーとの約束を守るため、品評会に付き添うことを決意。いよいよ明日は品評会の結果が発表される日。シャーロットはネズミのテンプルトン（声:スティーブ・ブシェミ）と共に『最後のメッセージ』を捜していた。そして次の朝、4番目の奇跡が起きる……。