ライズナー研究所のパーティーで、一人の博士が首を切られて殺される。通報を受け、フランク刑事（ピーター・ファシネリ）とリサ刑事（サラ・ディーキンス）が現場に駆けつける。犯人は大量の血を浴びたはずなのに、誰にも目撃されることなく逃走した。床に残る血染めの足跡は裸足……。異常な現場にライズナー博士（デヴィッド・マキルレース）とビショップ大佐（ウィリアム・マクドナルド）が現れ、フランクとリサに退去を促す。国防総省が直接調べるというのだ。さらに二人は、犯人が次に狙うと見られるマギー博士（ローラ・レーガン）を警護を命令される。その任務中、階段がきしむ音を聞いたリサが、見えない襲撃者に急襲され死亡。フランクとマギーも追いかけられ、必死の思いで警察署に到着。だが、上司はマギーを軍に引き渡すという。真相を掴みたいフランクは、隙を見て彼女を逃がす。躊躇していたマギーは、フランクにすべてを語り始めた。5年前、研究チームが人間の透明化に成功したが、被験者がチームの皆殺しを図ったため、計画は中断。1年後、ライズナーが国防総省の援助で、軍の政敵を排除するための暗殺計画に向け研究を再開。目的は、究極の武器“姿なき戦士”を作ること。自分は、透明化がもたらす、細胞が徐々に損傷して死に至る副作用を抑える緩和剤を作ったという。こうして、特殊部隊のグリフィン（クリスチャン・スレーター）が透明人間にされた直後、研究所を解雇されたと話す。しかし、軍はなぜかグリフィンに緩和剤を投与せず、グリフィンはその事実を知ってしまう。マギーを捕らえたいグリフィンは妹ヘザー（ジェシカ・ハーモン）を誘拐し、ターミナルに一人で来るよう脅迫する。転がる注射器を見つけたフランクは、自らの命をかけた、ある決断をするのだった……。