雪の日、主人公のナムに幼馴染のジュノから連絡がきて、仕事で数年間海外勤務になるという。子供のころの思い出話の後、ナムに思い出の箱を渡すジュノ。ナムはジュノと過ごした12歳のころのことを思い出す。海辺の小さな漁村。事故で父を亡くし、体の弱いおばあちゃんと母と暮らしているナム。父の事故が原因で内向的になってしまったナムは、同級生のジュノと猫のヨーにしか心を開けない。ある日、文房具屋で不思議な人影が入ったビー玉を見つけるが買うのを躊躇う。翌日買いに行ったが見つからないのでがっかりするナム。猫のヨーと壊れた灯台の周辺で遊んでいたナムは、ヨーの後を追って灯台のなかに入り、ヨーを探しているうちに空中を泳いでいる魚のような生き物を発見する。壊れた灯台のランプにビー玉の光が通過するとナムは強烈な光と共に異次元に移り、そこで不思議な生き物・モンの背に乗る少女・マリに出会う。翌日、ナムはその体験をジュノに話すが信じてもらえない。小学校ではジュノが女の子・スギに片思い中。なかなか自分の気持ちを伝えられないジュノ。でも、スギが気になっているのはナムだった。スギに話しかけられるが、うち解けることができないナム。一方、ジュノも壊れた灯台でナムと不思議な世界に行き、マリに出会う。二人は秘密を共有するのだった。病気がちの祖母のため一人になることの多いナムを案じて、母の恋人らしき漁師のおじさん・ギョンナンがよく家に来るようになった。おじさんの親切さに母をとられるのではと不安になるナム。その上、親友のジュノが近々ソウルに引越すと打ち明けられる。祖母や母、ジュノまで離れてしまう寂しさにますます心を閉じていく。そんなある日、漁に出たジュノのお父さんの船が、海に出たまま嵐になってしまう。真っ暗な闇の海で悪戦苦闘するジュノの父とギョンナン。灯台の光で彼らを助けようと、ナムとジュノは壊れた灯台に行く。以前のようにビー玉をとりだすが壊れたままで灯台の光はともらない。その時、落雷がナムたちのいる灯台に落ち、光とともにマリと不思議な生物・モンが現れ、奇蹟が起こるのだった。数日後、ジュノが両親とソウルに旅立つ。ジュノの気持ちに気づいたスギは、ナムと共に見送りに行った。電車と共に去っていくジュノ。彼はナムに「僕たちずっと一緒だろ。これは別れじゃないよな」と叫ぶ。過去から戻り、大人になったナムはまたしてもジュノに別れを言う。思い出の箱を開けると、あのビー玉が入っていた。