西アフリカ。ナイジェリアとマリ共和国の国境付近で発見された一枚の金貨に、ダーク・ピット（マシュー・マコノヒー）は魅せられた。今でも輝きを失わないその金貨は、ピットに、南北戦争時に莫大な財宝とともに姿を消した甲鉄艦テキサスの存在を確信させる。幻と呼ばれていたテキサスは、間違いなくその地の近くに眠っている。冒険家としてのピットの心に火がともった。一方ナイジェリアには、その頃奇妙な疫病が流行っていた。感染した者は助かる術はなく、ただ訪れる死を受け入れるしかなかった。ＷＨＯ（世界保健機関）のエヴァ・ロハス（ペネロペ・クルス）は、その感染源がマリにあると判断し、その地へ向かおうとするが、マリでは内紛が勃発。圧倒的権力をもつカジム将軍が、国境を封鎖しているという。通常のルートではマリに入国できないことを知ったエヴァの頭に浮かんだのは、ＮＵＭＡ（国立海中海洋機関）だった。海洋の保全に務める特殊機関であるＮＵＭＡなら、水路を使いマリへ案内してもらえるかも知れない。そして、ＮＵＭＡのサンデッカー提督（ウィリアム・Ｈ・メイシー）は現在、ナイジェリアの近くに滞在しているのだった。事情を聞いたサンデッカーは、現地の人間にも顔が利く実業家イヴ・マサード（ランベール・ウィルソン）を、エヴァに紹介する。だが、マサードはエヴァの手助けをすることに難色を示す。そしてサンデッカーも2日後にこの地を離れざるを得ず、エヴァに協力することは出来ないと言う。マリへ入る手立てはない、と絶望しかけた彼女を助けたのはピットだった。ＮＵＭＡのエージェントであるピットは金貨が発見されたマリ国境へと向かうため、サンデッカーからボートを借り受け、準備を着々と進めていた。エヴァはボートに同乗させてもらうようピットに頼み込み、ピットの相棒のアル（スティーヴ・ザーン）、ルディ（レイン・ウィルソン）と共に出発することになる。目的が異なるピットとエヴァは、ニジェール川のほとりにある小さな町アヨロウで別れるが、その直後ピットもまた疫病の脅威を感じ取り、また何者かがエヴァの命を狙っていることを知る。甲鉄艦テキサスの探索を一度保留にしたピットは、疫病の感染源を追跡し始め、やがてエヴァと合流する。そして運命は、彼らを死のサハラ砂漠へと導いた。そこで次々と彼らに襲い掛かる絶体絶命の危機の中で、ピットは人類の未来さえも脅かす恐ろしい陰謀を知る。生き延びて、この世界を救わなければならない。絶望的な状況の中、ピットの前に現れたものは？