インドネシア・ボルネオの密林地帯。猛獣をハントしようと隙を伺う現地人が、動物たちが不穏に騒ぎだす中、水中で『それ』に襲われる。瞬く間の惨劇。そして静寂…。一方、ニューヨークにある研究所で働く科学者チームはある“花”をめぐって色めき立っていた。それは、ボルネオの奥地に、7年に一度、2週間だけ咲くという希少な花“ブラッド・オーキッド”だった。その血清成分は細胞の老化防止に劇的な効能があることが実証されたのだ。コスメや医薬品として商品化すれば、まさにバイアグラ以上に世界を席巻することは確実だ。しかし、あと1週間で花は咲き終わり、次に咲くのは7年後…。彼らは会社の利益と自らのキャリアアップを図るため、現地ボルネオに“ブラッド・オーキッド”採取に向かう。ボルネオに着いたリーダー格のバイロン医師（マシュー・マースデン）、女性科学者の2人、サム（カディ・ストリックランド）、ゲイル（サリー・リチャードソン＝ホイットフィールド）、そして“コンピューターおたく”のバリス（ユージン・バード）、さらにダグラス医師 （ニコラス・ゴンザレス）は、さっそくトラブルに見舞われる。上流に向かう船の手配に誤算が生じてしまい、急遽現地調達することになるが、、雨季には船を貸さないのがこの地区の常識だった。船を出してくれそうなのは、現地で船上暮らしをし、酒とバクチの借金まみれで、いわくありげな過去を持つ素性の良くないジョンソン（ジョニー・メスナー）だけだった。一行は、足元を見られ5万ドルの報酬をふっかけられ、おまけにその船ブラディメリー号はかなりのポンコツだった。さらに船にはジョンソンの飼っているいたずら好きのサルのコングがおり、女性陣を手荒く歓迎した。こうして、早くも不吉な前兆に見舞わながらも一行の船は上流へと向かってゆく。その途中、ゲイルが携帯で電話中に誤って川に落ちてしまう。すかさず助けに飛び込むジョンソン。そこに水の中から何物かの襲撃、アナコンダ？ いや巨大なワニだった。ジョンソンはナイフ片手に大格闘を演じ、ついにそのワニを倒す。やがて雨季特有の激しい雨が船と川をたたき、新たな危難が降りかかった。流木が増え、スクリューが空回りし、船の自由が効かなくなったのだ。前方には滝が迫り、船は落下、一行は川に投げ出され、命からがら岸にたどり着く。すでに船は大破、残されたものは地図と採取サンプル、少量の水と衛星電話だけだった。一行は、密林を直進してなおも花の採取に向かうか、支流にいるジョンソンの友人リビングストンの船まで助けを求めるか、意見が別れる。そして、一行が川を渡っていた時、最初の惨劇が起こった。最後列を進んでいたダグラスが水中から音もなく迫ってきたアナコンダに襲われたのだ。巨体を波打たせ、勝ち誇ったように猛威を振るうその姿に一行はなすすべもなかった…。ついに犠牲者も出て、計画を中止する意見が多かったが、バイロンは計画続行を強要した。その頃、リビングストンの船はアナコンダに襲われ、爆発炎上。その現場にたどり着いた一行は、無残な船とリビングストンの姿に慄然とする。さらに歩を進めた一行は、不気味な村で、アナコンダの死骸とその花の一部を発見する。大量に花が咲き誇る場所は近いはずだが、そこはアナコンダたちが交尾のために集まる場所を意味していた。強行派のバイロンとゴードンら退却派たちの溝はますます深まってゆく。やがてゴードンが毒グモにより謀殺され、バイロンはリビングストンの船を破片で作ったイカダを漕いで独断専行の行動を取る。目指すは洞窟の中に群生する“ブラッド・オーキッド”。それは凶暴化したアナコンダの大群が守護する“危険な宝の花”でもあった……。