紀元1世紀のエルサレム。イエス（ジム・カヴィーゼル）は、十二使徒の一人であるユダ（ルカ・リオネッロ）の裏切りによって大司祭カイアファ（マッティア・スブラージア）が差し向けた兵に捕えられ、市の城壁の内に連行される。夜の裁判でカイアファはイエスに救世主なのかと問い、肯定したイエスに対し、冒涜者だと宣告する。イエスを救おうとマグダラのマリア（モニカ・ベルッチ）はローマ兵にすがるが、望みは聞き入れられない。イエスの身柄はローマ帝国の総督ピラト（ホリスト・ナーモヴ・ショポヴ）に委ねられ、彼はイエスを十字架に掛ける判決を下す。ローマ兵により鞭打たれるイエス。変わり果てたイエスの姿を見かねたピラトは、この問題から身を引くことを示し、群衆の望みどおりに処すことを兵に申し渡す。十字架を背負わされ、エルサレムの街をゴルゴダの丘へと歩むイエス。惨刑に薄れゆく意識の中、母マリア（マヤ・モルゲンステルン）と過ごした楽しき日々や、十二使徒との巡礼の道を懐かしむ。そしてゴルゴダの丘で、イエスは十字架に掛けられる。磔にされてもなお、彼を裁こうとする人々の為に祈るイエス。まもなくイエスの生涯は最期を迎えるが、しかし、それから奇跡が起こり、彼は復活するのだった。