ロータという町にある“オルランド城”で開催された、波導の勇者“アーロン”を称えるポケモン・バトルに参加し、見事優勝したサトシとピカチュウ。ところが、その夜開かれたパーティで、ピカチュウが遊びに来ていたミュウ、ニャースと一緒に姿を消してしまった。そこで、サトシたちはピカチュウを探す為、優勝者に送られる杖の飾り珠に数百年もの間封印されていたアーロンの従者・ルカリオと共に、ミュウが棲む“世界のはじまりの樹”へ向けて旅立った。世界のはじまりの樹を守る数々の強敵の攻撃をかわし、やがて地下世界に入り込んだサトシたち。果たして、彼らはピカチュウと再会するも、その時、サトシたちをバイ菌と勘違いした世界のはじまりの樹が崩壊を開始。樹と命を共有していたミュウも、倒れてしまう。このままでは、大きな争いを癒しの力で抑えてきた樹のパワーが消滅し、世界は再び戦火に包まれる！しかし“時間の花”の奇跡によって、数百年前の昔、アーロンが争いを止めるべく、敢えてルカリオを杖の飾り珠に封印し、命をかけて波導を放ち世界を護った場面を見たルカリオは、自らも主人と同じように命と引き換えに波導の力で樹の崩壊とミュウの命を救うのだった。こうして、世界は戦火の危機を免れ、サトシとピカチュウたちも冒険の続きへと出発した。