北大西洋上で八代グループの貨物船・第一八代丸が沈没し、船長の沖田と三等航海士のふたりが犠牲となった事故から15年、太平洋を処女航海中の八代グループ最新豪華客船“アフロディーテ号”の船内で、グループ会長の八代延太郎とその娘でグループ社長の貴江が何者かに殺害される事件が起こった。船に乗り合わせていたコナンは、早速捜査を開始。やがて、乗客でシナリオ・ライターの日下ひろなりが犯人であることを見破る。実は、彼は15年前の沈没事故と見せかけた保険金詐欺計画の犠牲となった三等航海士の息子で、殺された父の仇を討とうと凶行に及んだのだった。全てを看破され、船を爆破し逃走を図る日下。果たして、彼はコナンの活躍で捕らえられるが、しかしコナンには気になることがあった。真犯人は別にいるのではないか？ そう、コナンの推察通り、事件の裏にはもうひとりの犯人がいた。それは、沖田船長の娘でアフロディーテ号設計チームのサブ・リーダーを務めた秋吉美波子であった。殺された父の復讐の機会を窺っていた彼女は、ある日、偶然から日下の計画を知ってそれを利用することを思いつき、日下の影に隠れる形で直接犯行に及んでいたのだ。そして、それを解明したコナンは、当時の副船長で八代会長とグルになって船を沈めたアフロディーテ号の現船長・海藤を殺害しようとしていた美波子を、小五郎と共に沈みゆくアフロディーテ号の船上で捕捉。更に、船内に閉じ込められていた蘭を探し出すことにも成功し、すんでのところで海上保安庁のヘリに無事救助されるのだった。