舞台『ジェゼフィーヌ』の千秋楽。主演女優・牧樹里が所有する“運命の宝石”と呼ばれる“スター・サファイア”を狙う怪盗キッドから、謎めいた犯行予告状が届いた。その暗号を、劇の最中にスター・サファイアを奪うと解読した小五郎は、コナンたちと共に劇場に張り込むが、なんとそこに大胆にも新一に変装したキッドが現れたのだ。しかし、蘭たちに正体を知られてはならないコナンは、キッドの正体を明かす事が出来ないばかりか、彼を屋上に追いつめながら取り逃がしてしまうのであった。翌日、舞台の打ち上げで樹里の北海道にある別荘に招待されたコナンたちは、函館行きの飛行機に搭乗していた。ところが、そこで惨劇が起こる。お気に入りのチョコレートを食べた樹里が毒殺されたのだ。しかし、コナンの名推理で犯人は樹里のメイク係の酒井なつきで、動機も彼女の将来を潰した樹里への復讐と判明した。一件落着……だがその時、樹里の顔見知りで、彼女の手に挨拶のキスをしたふたりのパイロットが中毒を起こし倒れてしまった。どうするコナン！？ しかし、彼は実は樹里の恋人で役者の新庄に変装し、機内でスター・サファイアを盗もうと企んでいたものの、それがまがい物だと知って計画を中止していたキッドと、蘭らと力を合わせ、飛行機を無事埠頭へ着陸させるのであった。