1968年、次第に戦争の澱に蝕まれてゆくサイゴンの治安維持の使命をうけ、陸軍犯罪調査分遣隊のここサイゴン支部に配属されたバック・マクグリフ（ウィレム・デフォー）とオルバニー・パーキンス（グレゴリー・ハインズ）の2人の私服警官のパトロール中に子持ち娼婦の射殺事件が起きた。彼らは娼婦の遺児を預けに訪れた修道院で美しいカソリックの尼僧ニコル（アマンダ・ペイズ）と出会い、彼女から同じ手口の娼婦殺しがこれで連続6件目であること、そしてそのどの女もかつて将校クラブで働いていた経験を持ち、同時に米兵との間に混血の子を宿していたと聞かされる。捜査を進めてゆくにつれ、2人は反米主義のヴェトナム警官ライム（ケイ・トン・リム）や、敵意を示すヴェトナム民衆との間で衝突を繰り返すが、そんな2人を危機一髪のところで救うのは上司ディックス（フレッド・ウォード）だった。またライムは2人にあまりこの事件に深入りしない方がいい、と妙な警告を与えるのだった。やがて2人はかつてこの事件を担当していながら、何故か手を引いて戦場に赴いたフラワーズ（レイモンド・オコナー）の持つ証拠を求め、ようやく5人の米軍将校をリストアップした。その中の最有力容疑者アームストロング（スコット・グレン）が訊問中にヘリから飛び降り自殺をし、事件は解決の様相、2人にも帰国命令が出た。いつしかニコルに恋心を抱くようになっていたマクグリフは彼女に別れを告げに行った夜、またしても同じ手口による娼婦殺しの起きたことを知り真犯人を探すため、2人はヴェトコンの潜む危険な地下道へ潜入する。またしてもそこでライムとのトラブルなどの末につかんだものは、犯人はディックスであるという事実だった……。事件は集結しマクグリフがサイゴンを出る頃、修道院で神に仕える最後の誓いをたてるニコルの姿があった。