ある夕暮れ時の広大なトウモロコシ畑。父親タガートの農作業を手伝っていた少年ビリーが、カカシのような風貌をした怪物に襲撃される。その悲鳴に気づいて現場に駆けつけたタガートは、空飛ぶ怪物によって遥か彼方へと連れ去られていくビリーを呆然と見届けるほかはなかった…。その翌日、ホハイウェイ東9号線を、対外試合帰りの高校生の代表バスケット・チームとチアリーダーらを乗せたスクールバスが走っていた。突然のタイヤのパンクで立ち往生した彼らは、屋根の上で日光浴を楽しみ、のどかなひとときを過ごす。まさかそのパンクが、獲物を求めて徘徊する世にもおぞましい怪物“クリーパー”が引き起こしたものとは、誰も気づかなかった。やがて夜の闇が訪れ、走り出したバスが再びパンクして急停車する。その直前、チアリーダーのミンクシーは奇妙な悪夢にうなされ、いち早く何か異常な事件起こっている不安に駆られる。不吉な予感は的中し、路上で発炎筒を焚いていた引率のコーチが突然消失してしまう。まもなく運転手の女性ともうひとりのコーチも空から舞い降りてきたクリーパーに連れ去られ、残された生徒たちはバスの内部でパニックに陥っていく。やがてバスの窓にはりついたクリーパーは彼らをなめまわすように見据え、獲物の品定めを開始する。クリーパーは人間の体臭を嗅ぎわけ、恐怖の匂いがにじみ出る人間を好んで食べる不気味な習性を秘めていた。頼れる大人たちを失い、警察に助けを求めることができない孤立無援の状況の下、リーダー格のスコットと、通称“D”は、クリーパーへの対応をめぐって激しくいがみ合う。クリーパーの襲撃によって、ひとりまたひとりと絶命していく若者たち。痺れを切らしたスコット、D、ミンクシーらはやむなくバスを捨て、ひと気のない夜の草原を全力で逃げ惑う。自在に空を飛び回り、獲物へと執拗に襲いかかるクリーパー。その頃、ラジオや無線でクリーパーの出没情報を入念にチェックしていたタガートが、軽トラックに乗り込みハイウェイ東9号線を突っ走り……。