17歳のテル(松田龍平)は、どこにでもいる普通の高校生。ただひとつ違うのは、ユタ(霊媒師)を母親に持ち、民俗学者で遊び人の父親が幼い頃に行方不明になったこと。そんなある日、母が他界する。親戚の謝花家を頼って足を踏み入れた沖縄で、テルは従妹のマレニ(末永遥)に出会う。マレニは不思議な雰囲気を持った14歳の女の子。チルおばあの指導のもと、ユタになるために修行中だが、この世のものでないものが見えてしまうため、本当はユタになりたくない。家の側にはガジュマルの樹があって、そこにキジムナー(ガジュマルの樹に住む妖精)がいるという。テルは心霊現象をまるで信じていないが、なぜかマレニとすぐに仲良しになる。ある日、ひょんなことからテルと一緒に訪れた御獄(うたき・沖縄の神社)で、マレニはひどく悲しそうな少女の霊と遭遇する。マレニにとって見たくないものを見ることは日常茶飯事のことだが、なぜかその少女のことが頭から離れない。少女(北川えり)は、マレビト(他界からの来訪神)に違いない。そう思い始めた矢先、マレニから贈られたカンカラ三線で不思議な曲を弾き始めるテル。「それって『マレビトの唄』?」。そう問い掛けるマレニに、「子どもの頃に聞いたことがあるんだ」と答えるテル。次の瞬間、どこからともなくキジムナー(斉藤和義)が現れ、マレニに向かって手招きをする。ふらふらと後をついて行くマレニ。それを見たおばあのチルルは止めるどころか、そのことを知っていたかのように、着替えの入ったバッグをテルに渡す。「あんたも一緒に行きなさい」。訳がわからないまま、マレニを追いかけるテル。ふたりは途中で立ち止まった店で、DVカメラで執拗に撮影を続ける不思議な女アキ(Tama)に出会い、ひょんなことから3人の旅が始まる。聞くとアキも、マレビトに興味を持っているという。不思議なことが次から次へと巻き起こり、そして立ち寄った海岸で、何者かがテルに舞い降りる。乗り移られたテルは、もがき苦しみ、泣きながら誰かに向かって叫びつづける。テルに乗り移ったのは終戦直後のある日本兵の霊だった。当時、マレビトの里で助けてくれた娘を猜疑心から殺してしまい、成仏できずにいたのだった。そして3人の前に、少女の霊がゆっくりと現れる……