ニューヨーク市より営業停止処分をうけたゴーストバスターズが解散して5年の月日が流れた。ある日ディナ（シガニー・ウィーヴアー）の8カ月になる息子オスカーを乗せた乳母車が突然動き出す事件が起き、彼女はピーター（ビル・マーレイ）には内緒で、イゴン（ハロルド・レイミス）に真相解明を依頼する。それを知ったピーターはこれをきっかけにディナとヨリを戻そうと必死になる。やがて彼らは、今は廃止された旧ニューヨーク地下鉄に、スライム化した霊体が流れているのを発見する。しかしこの調査によってニューヨーク市全体が停電してしまう事件が起き、彼らは裁判にかけられることになるが、その時にサンプル収集したスライムからゴーストが現われ、それを退治することでゴーストバスターズは再結成を許可されるのだった。そしてイゴンとレイモンド（ダン・エイクロイド）は、スライムが人間の怒りや欲望、憎悪などを反映して物体化したもので、人間の感情に敏感に反応することを知った。一方、マンハッタン美術館のヤノシュ・ポーハ教授（ピーター・マクニコル）をその悪の手先として世界を征服しようと企んでいた“カルパチアのヴィーゴ”の肖像画に宿る大魔王ヴィーゴ（ウィルヘルム・フォン・ホンブルグ）の霊は、霊が乗り移る肉体としてヤノシュの部下であるディナの息子オスカーを狙うのだった。そしてオスカーを誘拐し、ディナともどもたてこもった美術館を悪のスライムが包み、新年の時と共にオスカーの肉体に乗り移る儀式を進めるのだった。ゴーストバスターズは善のスライムを自由の女神に振りまき、悪のスライムを蹴散らすことで美術館の中に潜入し、ヴィーゴの霊を粉砕してオスカーをディナの腕に返すのだった。（コロムビア＝トライ・スター映画配給＊1時間48分）