タウンズビルは治安の悪い最悪な街。街の郊外に住む、誇り高き天才科学者・ユートニウム博士（声：トム・ケイン）は、パーフェクトな女の子を作り出し、善悪の判断がきちんとつくよう育て上げる決意をしていた。ところが、『お砂糖＋スパイス＋ステキなもの』で完成するはずが、間違えて謎の薬品ケミカルＸを混ぜてしまい大変なことに。かわいいクセにとんでもないパワーを持った、ブロッサム（声：キャサリン・キャバディーニ）、バブルス（声：タラ・ストロング）、バターカップ（声：E・G・デイリー）の『パワーパフ ガールズ』が生まれてしまった。ガールズは自分達の力を持て余し苦悩し、街の住人達も、並外れたガールズのパワーにとまどう。そこに、元はユートニウム博士の助手であったが、ケミカルXの爆発で突然変異を遂げ悪者になったモジョ・ジョジョ（声：ロジャー・L・ジャクソン）が現れ、ガールズを言葉巧みに騙す。そして街を破壊しだした。モジョ・ジョジョの演説で悪者にされたガールズは、街の人々に腹を立てられ、失意にくれて宇宙に去る。けれど、自分達のするべきことは街の平和を守ることだと考え始め、タウンズビルに戻り平和を取り戻した。