近未来アメリカ。人類はクローン人間の製造に成功。しかしその技術は封印されていた。だが、マッド・サイエンティスト、オー博士(パット・モリタ)は密かに研究を続け、主君に忠誠を誓うサムライのような服従遺伝子が組み込まれたタケル(船木誠勝)を完成させ、自分を追い出したノヴァ・コーポレーションに復讐を始める。ノヴァはオー博士とタケルを狩るために殺し屋のマドセン(サム・ボトムス)を雇う。マドセンはすぐにオー博士を暗殺するが、タケルを取り逃がし負傷。ノヴァのヒリアー博士(アレン・コールマン)は、マドセンの傷口に残ったタケルの服従遺伝子を盗み冷酷なハイパー・クローン(バス・ルッテン)を作る。実はノヴァはマドセンを利用し、戦闘用クローンを作り儲けようとしていた。オー博士の命令のままノヴァの研究者達を殺すタケル。しかし、彼を想ってくれる女性に出会ったことで人間の心が芽生える。しかし、服従遺伝子の力は止められず、研究者に向けた刀で彼女を殺してしまう。失意の彼を救ったのはマドセンとノヴァの研究者ミッチェル(アレクサンドラ・カンプ)だった。ノヴァの企みに気が付いた彼らは、タケルと組むことに。肝臓の悪いマドセンに自分の臓器をあげることを約束し、タケルは我が身を犠牲にして敵を倒したのだった。