1942年、ポーランド。11歳のユダヤ人少年ロメック（ハーレイ・ジョエル・オスメント）は、両親の必死の思いから、ユダヤ人の強制連行が激しいクラクフからポーランド東部の小さな村に送られる。ロメックを預かった農夫グニチオ（オラフ・ルバスゼンコ）には、妻とふたりの息子がいた。兄のヴラデック（リチャード・バーネル）はロメックを嫌ったが、弟のトロ（リアム・ヘス）は好意的だった。村の神父（ウィレム・デフォー）は、ユダヤ人のロメックがカトリックに偽装することを許していた。次第に皆と打ちとけていくロメック。しかし村にもナチスの軍靴が迫り、禁止されている豚を飼っていたグニチオが殺される。そして、神父が“12使徒になる“というゲームを教えたことをきっかけに、トロは自分がキリスト役になるといって、奇妙な行動をとりはじめる。その頃、ユダヤ人を強制収容所へと移送する列車が村を走り、多くのユダヤ人たちが列車から飛び降りて逃げようとしていた。ロメックは、自分がユダヤ人ではないことを証明するため、ナチスの将校の前でユダヤ人たちを辱める。そこにトロが現れ、ロメックが自分の友人だという声を否定し、収容所行きの列車に乗せられてしまう。青年になったロメックは、トロのこと、そして自分を救った人々のことを忘れないと心に誓うのだった。