昭和75年、東京。湾岸地帯で発生した連続レイバー襲撃事件。捜査にあたった警視庁城南署の刑事・秦と久住は、備蓄基地で人間を喰い殺す巨大な怪物に遭遇する。残された肉片から、怪物がニシワキセルと言う、隕石に含まれていた物質・ニシワキトロフィンの研究中に培養された細胞体と、人の癌細胞の融合体であることが判明。更に、それが米軍と自衛隊の依頼を受けて東都生物医学研究所が開発した生物兵器で、レイバーが起動中に発する超音波に反応し襲撃したことや、しかもその生物兵器の研究に携わっていたのが、秦が捜査の過程で知り合い秘かな想いを寄せるようになっていた岬冴子と言う研究員で、彼女はその研究に幼くして亡くした娘・一美の癌細胞を使っていたことなどが次々と明らかになっていく。そんな中、怪物壊滅作戦が発令されイングラム出動が決まった。壮絶な戦いの末、怪物を退治することに成功するイングラム。だが、冴子も怪物の後を追うように自ら命を落としてしまう。数日後、冴子の墓に詣でる秦。同じ頃、自衛隊の圧力によって隠蔽された筈の事件は、内部告発者によって公のものとなっていた。