夏休み。忙しい両親に代わってひとりで沖縄へ墓参りに出かけたタカトは、いとこのカイと共に、凶悪なデジモンに襲われていた少女・ミナミを助ける。ミナミは、大流行のペットソフトＶペットの開発者・上原武人の娘で、父親から一台のノートパソコンを預かっていたが、その中に人類滅亡を企むメフィスモンによってＶペットに仕掛けられたウイルスを破壊するワクチンがプログラムされていた為、メフィスモンに狙われたのだ。そんなメフィスモンの野望を打ち砕くべく、ＶＰラボへ潜入するタカトたち。彼らは、ギルモンやオメガモンに誘導されデジタル空間を通って駆けつけたルキたち、そしてミナミのパソコンからリアライズしたシーサモンと共にメフィスモンと壮絶なバトルを繰り広げるが、苦戦を強いられてしまう。しかも同じ頃、日本各地ではＶペットから凶悪デジモンがリアライズして大暴れを開始していた。そんな時、ミナミを守ろうとして倒れたシーサモンに駆け寄ったミナミが海で亡くした愛犬・メイの名を叫んだ。実は、シーサモンの原型であるＶペット、ラブラモンは、メイの代わりとして武人が作ったもので、その名を呼ぶことでワクチンが起動するようプログラムされていたのだ。お陰で、全国の凶悪デジモンたちは次々に消去され、究極体ガルフモンへ進化したメフィスモンも完全体に進化したギルモンたちによって倒されるのであった。