2071年。火星の都市・アルバシティの高速道路でタンクローリーが爆発炎上、タンクから漏れた物質により500人以上の死傷者が出る大惨事が発生した。警察は、バイオ兵器を使用したテロの可能性を示唆し、犯人に3億ウーロンという巨額の懸賞金をかけた。スパイクを始めとする賞金稼ぎ集団ビバップ号のクルーたちは、早速犯人探しを開始。やがて、それが軍特殊部隊の一員・ヴィンセントであることを掴む。だが、記録では彼は2年前のタイタンの戦争で戦死しているとのこと。深まる謎を追ううち、スパイクは製薬会社チェリオスケミカルに疑惑の目を向け潜入調査をするが、マーシャルアーツを身につけた女戦士・エレクトラに邪魔だてされ、更に正体を現したヴィンセントによって瀕死の重傷を負わされてしまう。しかし、そんなことで命を落とすようなスパイクではなかった。独自の情報網でヴィンセントがナノマシンと言う生物兵器の人体実験に使われたこと、彼の体の中にそのワクチンであるカウンター・ナノマシンが仕込まれていたことを知る。世界への復讐を企むヴィンセントは、ハロウィンで賑わうアルバシティにナノマシンを撒き散らし、人々を殺そうと画策。だが、すんでのところでカウンター・ナノマシンを手に入れたスパイクの活躍で彼の計画は阻止され、ヴィンセントも実は彼の恋人であったエレクトラの銃弾に倒れるのだった。