シュレック（声＝マイク・マイヤーズ）は、人里離れた森の中の沼のほとりで孤独に暮らす怪物。そんな彼の前に現われたのは、おしゃべりなロバのドンキー（声＝エディ・マーフィ）。シュレックにうっとうしがられながらも、ドンキーは彼の元に居着いてしまう。そしてその夜、横暴なファークアード卿（声＝ジョン・リスゴー）によって追放されたおとぎ話のキャラクターたちが、シュレックの沼に侵入してきた。シュレックは彼らを追い返そうとファークアード卿に掛け合いに、ドンキーと共に出発。その頃ファークアード卿は、王位を継ぐためには美しいプリンセスと結婚しなければならないため、プリンセスを探していた。彼が候補者の中から選んだのは、ドラゴンの城に囚われているフィオナ姫（声＝キャメロン・ディアス）。シュレックはファークアード卿と交渉し、姫を連れ戻すことに成功すれば要求を聞いてもらうことを約束する。こうしてシュレックとドンキーはドラゴンの城にもぐり込み、フィオナ姫を奪うのだった。しかし姫には、秘密があった。実は陽が沈むと、シュレックと同じ怪物になってしまうのだ。姫とシュレックは互いに惹かれ合うが、シュレックの勘違いで2人は仲違いし、姫は卿との結婚式に臨むことに。しかしドンキーの説明で自分の誤解に気づいたシュレックは、結婚式に乗り込み姫を奪還。彼がキスすると姫は怪物の姿に戻り、怪物同士でめでたく結ばれるのだった。