ニール・ショー（ウェズリー・スナイプス）は、国連に属し世界平和のために働いている国際保安エキスパートチームのリーダーであり、国連事務総長ダグラス・トーマス（ドナルド・サザーランド）の管轄下にいる敏腕エージェント。2000年大晦日、香港の新世紀祝賀会場でも、同僚ブライ（マイケル・ビーン）の助けを借りて大活躍。その6カ月後、ＮＹ沖で大勢のベトナム難民の死体を乗せた国連の船が発見されるという事件が起きた。ショーの女性上司エレノア・フックス（アン・アーチャー）は、この事件の背景には中国の国連大使ウー（ジェームズ・ホン）が存在するとにらんでいた。そんな矢先、大使は暗殺される。ショーは暗殺者を追い掛けるが、惜しくも取り逃す。さらに運悪く、ショーは警察隊に暗殺者と間違われて逮捕されてしまった。そんなショーの窮地を救ったのは、暗殺者を目撃した唯一の人物、国連の同時通訳者ジュリア（マリエ・マチコ）。その時から彼女とショーは、共にチャイナ系ヒットマンたちと戦うことになる。さらにＮＹＰＤ警部のカペラ（モーリー・チャイキン）も、共通の敵を追っていると知る。やがてショーは、大使暗殺事件の記録映像から、側近のチャン（ケリー・ヒロユキ・タガワ）が、事前に狙撃を知っていたことを割り出す。しかし真相が判明する前に、チャンは例の暗殺者に狙撃され絶命。ショーは前回の痛恨の記憶を噛みしめつつ、その暗殺者を追い掛けるのだった。