宝永四年（1707年）。富士山の突然の噴火と共に蘇った悪しき妖怪たちを、妖刀・村正を使って退治してきた妖怪討伐士・榊備前守芳明が、遂に大河童との戦いで力尽きて倒れた。その後継に選ばれたのは、彼の一人娘である咲夜。村正を引き継いだ彼女は、幕府大老・井伊掃部頭真興と若年寄・久世大和守重之から、怪異の元凶を探るよう言い渡され、早速、亡き弟の代わりとして育てている河童の太郎と、ふたりの手練れの忍者・似鳥周造、猿鬼兵衛を供に従えて、駿河の国の草薙の地を目指すことになる。途中、旅人を喰らう化け猫や若い娘を生きたまま人形にしてしまう妖術使いと戦いながら、漸く草薙の地に辿り着いた一行。そこで彼らを待ち構えていたのは、妖怪の首魁である土蜘蛛の女王であった。日本を妖怪の国にしようと企む土蜘蛛は、本来妖怪である太郎を言葉巧みに仲間に引き込み、咲夜たちに苦戦を強いる。だが、咲夜と太郎の絆は強く、土蜘蛛は彼らの活躍で再び地中へ封じ込められるのであった。