2033年。南鳥島沖の海底4200ｍで、新しいエネルギー資源の掘削作業が行われていた。ところが、その基地に銃を携えた女性生物学者の王春露と少年・野良が潜入し、計画を中止させようとした。春露によると、このまま掘削を続ければマントルに閉じ込められた太古のバクテリアが蘇り、生態系を崩すと言うのだ。しかし、富と名声に目のくらんだエンリケスが掘削を続行。バクテリアを蘇らせてしまう。マントルから流出する原始バクテリア、それはまるでオーロラのように美しかったが、その裏には金属を溶解させるという恐ろしい力を持っていた。しかも、更にそれは海上の支援船”はるしま“や救助にやってきた潜水艦を次々に破壊。掘削チームは逃げ道を失い、海底に閉じ込められてしまう。この事態に、チームのメンバーであるヒロシは、実は原始バクテリア研究の第一人者で”科学界の独裁者“の異名を持つ王玉竜のクローンだった春露と協力し、バクテリアの浮上を防ぐべく液体窒素でそれを休眠させる作戦を決行する。多くの犠牲者が出る中、バクテリアの休眠に成功するヒロシと春露と野良。その後、3人は海中ロボットで無事海上へ帰還を果たす。