生きる理由を見失っていた女子高生・ひとみは、ある日、子供の頃に夢のような体験で見た謎の男の声に導かれ、異世界・ガイアへと連れて行かれる。そんな彼女が目覚めたのは、別名・竜の鎧と呼ばれるエスカフローネという巨大な人型の鎧の胎内だった。そしてそこから現れた彼女を、アレン率いるアバハラキの一団は、翼の神と呼んだ。彼らは、彼らの国を滅ぼした黒竜族と戦う為に旅をしており、ひとみはアレンに請われるままその旅に同行することになる。ところで、その一団にはバァンという青年がいた。彼は、黒竜族に滅ぼされた国の若き王で、数少ないエスカフローネの乗り手である竜族の末裔であったが、同時に黒竜族の総帥・フォルケンの弟でもあった。一方のフォルケンは、父王が世継ぎをバァンに譲ったことに絶望し反旗を翻した非情な男で、ひとみをガイアに導いた本人だった。そんな彼にとって、ひとみは全てを破壊に導くエスカフローネを動かす力としてどうしても必要な存在。実は、エスカフローネは竜族の乗り手と翼の神の心が共鳴して初めて命が宿るのだ。刺客を送り、ひとみを奪取しようとするフォルケン。だが、アバハラキの一団と旅を続けるうち、ひとみはバァンと心を通わせるようになる。果たして、ふたりはエスカフローネを動かすことに成功。壮絶な戦いの末、フォルケンを倒し、ガイアに平和を呼び戻す。そして、冒険の中で生きる意味を見つけたひとみは、バァンと別れ元の世界に戻っていのだった。